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ストーリーモードは犬夜叉の章から、一話一話をクリアするごとに新しい章がプレイ可能になる。
難易度の設定が可能。
犬夜叉の章
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| 物語 |
奈落との決着をつけるため、かごめとともに四魂の欠片の気配を追いかける。 |
| 対戦相手 |
鋼牙、弥勒、神楽＆琥珀、桔梗、殺生丸、奈落。 |
| クリア後 |
「弥勒・珊瑚の章」が出現。
「奈落」が使用可能になる。（ノーコンテニュークリア） |
弥勒・珊瑚の章
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| 物語 |
奈落を倒し、琥珀を救うために二人が旅立つ。珊瑚に別バージョンのプロボーズもあり。 |
| 対戦相手 |
犬夜叉＆鋼牙、珊瑚＆かごめ、神楽＆琥珀、殺生丸、奈落＆琥珀、奈落。 |
| クリア後 |
「殺生丸の章」が出現。
「蛮骨」が使用可能になる。（ノーコンテニュークリア） |
殺生丸の章
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| 物語 |
鉄砕牙をめぐり、犬夜叉との戦いに赴く。 |
| 対戦相手 |
鋼牙、桔梗、奈落、犬夜叉、変化した犬夜叉。 |
| クリア後 |
「七宝の章」が出現。
「変化した犬夜叉」が使用可能になる。（ノーコンテニュークリア） |
七宝の章
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| 物語 |
七宝が天下取りを狙って覇道を進む。遂にやって来た七宝の時代。 |
| 対戦相手 |
犬夜叉、鋼牙、殺生丸。 |
| クリア後 |
「朔の犬夜叉」が使用可能になる。（ノーコンテニュークリア） |
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